Я пытаюсь извлечь значения и получить среднее значение из растрового блока, но получаю ошибку, которая, как мне кажется, связана с размерами растрового блока.
данные были загружены с сайта NOAA
я сделал следующее:
library(raster)
ERSST <- rotate(brick('sst.mnmean.nc'))
ERSST
class : RasterBrick
dimensions : 89, 180, 16020, 1976 (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution : 2, 2 (x, y)
extent : -179, 181, -89, 89 (xmin, xmax, ymin, ymax) # ignore extent, needs fixing but not relevant for the question
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0
data source : in memory
names : X1854.01.01, X1854.02.01, X1854.03.01, X1854.04.01, X1854.05.01, X1854.06.01, X1854.07.01, X1854.08.01, X1854.09.01, X1854.10.01, X1854.11.01, X1854.12.01, X1855.01.01, X1855.02.01, X1855.03.01, ...
min values : -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, -1.8, ...
max values : 32.09937, 31.44189, 31.72137, 31.47466, 33.23633, 31.90788, 35.22922, 33.66898, 32.26702, 32.15502, 31.68270, 31.74512, 31.32458, 31.23049, 29.88974, ...
Date : 1854-01-01, 2018-08-01 (min, max)
Произвольная точка
xy <- data.frame(x = -49, y = 45)
и когда я извлекаю, я получаю:
extract(ERSST, xy, buffer = 1e+05, small = TRUE, fun = mean)
Error in apply(x, 2, fun2) : dim(X) must have a positive length
что заставляет меня думать, что это проблема измерения, так это ошибка, которую я получаю, когда пытаюсь указать слои для использования
extract(ERSST, xy, buffer = 1e+05, small = TRUE, layer = 10, nl = 10)
Error in x[, lyrs] : incorrect number of dimensions
и, кажется, работает нормально, если я сначала усредняю (но это не то, что я хочу, мне нужен временной ряд в данный момент)
mERSST <- mean(ERSST)
extract(mERSST, xy, buffer = 1e+05, small = TRUE, fun = mean)
[1] 5.649212
Возможно, это атрибут Date в растровом блоке. Любые обходные пути или решения для предотвращения этой ошибки?
Ответ @RobertHijmans заставил меня понять, что я всегда получаю только одно значение из извлечения, даже когда точка находится на стыке нескольких ячеек сетки, как в примере выше.
plot(MSST, xlim = c(-60, -40), ylim = c(40, 50))
points(xy)
С использованием:
extract(mERSST, xy, buffer = 1e+05, small = TRUE, cellnumbers = TRUE)
[[1]]
cell value
3845.000000 5.649212
Я получаю только одно значение, тогда как я ожидал бы, что их будет 4, независимо от того, насколько мал буфер. Я что-то пропустил в выписке? Поэтому я попытался преобразовать свою точку в круг и использовать ее для извлечения данных.
coordinates(xy) <- ~ x + y
proj4string(xy) <- '+init=epsg:4326'
xy_utm <- spTransform(xy, CRS('+init=epsg:32621'))
gbf_utm <- rgeos::gBuffer(xy_utm, width = 1e5, quadsegs = 250L)
gbf <- spTransform(gbf_utm, CRS(proj4string(xy)))
plot(ERSST[[1]], xlim = c(-60, -40), ylim = c(40, 50))
points(xy, pch = 19)
plot(gbf, add = TRUE)
extract(ERSST[[1]], gbf, small = TRUE, weights = TRUE)
это дает мне:
[[1]]
value weight
[1,] 1.722664 0.25
[2,] 3.683457 0.25
[3,] 5.985203 0.25
[4,] 8.442450 0.25
в версии 2.6.7 (и это, кажется, имеет смысл).
но
[[1]]
value weight
[1,] 1.722664 0.001236928
[2,] 1.722664 0.003935680
[3,] 1.722664 0.005285056
[4,] 3.683457 0.005285056
[5,] 3.683457 0.003935680
[6,] 3.683457 0.001236928
[7,] 1.722664 0.002136512
[8,] 1.722664 0.008321151
[9,] 1.722664 0.011244799
[10,] 1.722664 0.011244799
[11,] 1.722664 0.011244799
[12,] 3.683457 0.011244799
[13,] 3.683457 0.011244799
[14,] 3.683457 0.011244799
[15,] 3.683457 0.008208703
[16,] 3.683457 0.001911616
[17,] 1.722664 0.003036096
[18,] 1.722664 0.010907455
[19,] 1.722664 0.011244799
[20,] 1.722664 0.011244799
[21,] 1.722664 0.011244799
[22,] 1.722664 0.011244799
[23,] 3.683457 0.011244799
[24,] 3.683457 0.011244799
[25,] 3.683457 0.011244799
[26,] 3.683457 0.011244799
[27,] 3.683457 0.010907455
[28,] 3.683457 0.003036096
[29,] 1.722664 0.000449792
[30,] 1.722664 0.010232767
[31,] 1.722664 0.011244799
[32,] 1.722664 0.011244799
[33,] 1.722664 0.011244799
[34,] 1.722664 0.011244799
[35,] 1.722664 0.011244799
[36,] 3.683457 0.011244799
[37,] 3.683457 0.011244799
[38,] 3.683457 0.011244799
[39,] 3.683457 0.011244799
[40,] 3.683457 0.011244799
[41,] 3.683457 0.010232767
[42,] 3.683457 0.000337344
[43,] 1.722664 0.003036096
[44,] 1.722664 0.011244799
[45,] 1.722664 0.011244799
[46,] 1.722664 0.011244799
[47,] 1.722664 0.011244799
[48,] 1.722664 0.011244799
[49,] 1.722664 0.011244799
[50,] 3.683457 0.011244799
[51,] 3.683457 0.011244799
[52,] 3.683457 0.011244799
[53,] 3.683457 0.011244799
[54,] 3.683457 0.011244799
[55,] 3.683457 0.011244799
[56,] 3.683457 0.002923648
[57,] 5.985203 0.002923648
[58,] 5.985203 0.011244799
[59,] 5.985203 0.011244799
[60,] 5.985203 0.011244799
[61,] 5.985203 0.011244799
[62,] 5.985203 0.011244799
[63,] 5.985203 0.011244799
[64,] 8.442450 0.011244799
[65,] 8.442450 0.011244799
[66,] 8.442450 0.011244799
[67,] 8.442450 0.011244799
[68,] 8.442450 0.011244799
[69,] 8.442450 0.011244799
[70,] 8.442450 0.002923648
[71,] 5.985203 0.000337344
[72,] 5.985203 0.010120319
[73,] 5.985203 0.011244799
[74,] 5.985203 0.011244799
[75,] 5.985203 0.011244799
[76,] 5.985203 0.011244799
[77,] 5.985203 0.011244799
[78,] 8.442450 0.011244799
[79,] 8.442450 0.011244799
[80,] 8.442450 0.011244799
[81,] 8.442450 0.011244799
[82,] 8.442450 0.011244799
[83,] 8.442450 0.010007871
[84,] 8.442450 0.000224896
[85,] 5.985203 0.002811200
[86,] 5.985203 0.010795007
[87,] 5.985203 0.011244799
[88,] 5.985203 0.011244799
[89,] 5.985203 0.011244799
[90,] 5.985203 0.011244799
[91,] 8.442450 0.011244799
[92,] 8.442450 0.011244799
[93,] 8.442450 0.011244799
[94,] 8.442450 0.011244799
[95,] 8.442450 0.010682559
[96,] 8.442450 0.002698752
[97,] 5.985203 0.001799168
[98,] 5.985203 0.007871359
[99,] 5.985203 0.011244799
[100,] 5.985203 0.011244799
[101,] 5.985203 0.011244799
[102,] 8.442450 0.011244799
[103,] 8.442450 0.011244799
[104,] 8.442450 0.011244799
[105,] 8.442450 0.007871359
[106,] 8.442450 0.001799168
[107,] 5.985203 0.001236928
[108,] 5.985203 0.003935680
[109,] 5.985203 0.005285056
[110,] 8.442450 0.005285056
[111,] 8.442450 0.003935680
[112,] 8.442450 0.001236928
в версии 2.7-13, что не может быть правильным.
tapply(x$weight, x$value, sum)
- person Robert Hijmans   schedule 18.09.2018