Я пытаюсь вычислить разницу между всеми точками в векторе длиной 10605 в R. Например, я пытаюсь сделать это:
for (i in 1:10605){
for (j in 1:10605){
differences[i] = housedata$Mean_household_income[i] - housedata$Mean_household_income[j]
}
}
Вычисление занимает так много времени, и я думаю, что есть более своевременный способ вычислить разницу между всеми точками друг с другом в этом векторе. У кого-нибудь есть предложения?
Спасибо!
Похоже, это должна делать функция dist. Матрицы расстояний имеют форму нижнего треугольника только потому, что distance(x,y) == distance(y,x):
my.distances <- dist(housedata$Mean_household_income,
housedata$Mean_household_income)
Это будет быстрее, так как это делается в коде C. Просто введите:
dist
dist(as.matrix(houssedata$Mean_household_income,ncol=1)
- person bala83; 23.03.2018
Вы можете прокрутить постепенно сдвинутую/обернутую копию вектора и вычесть два вектора. Вам все равно придется один раз перебирать длину данных и каждый раз сдвигать и вычитать вектор, но это, вероятно, сэкономит некоторое время.
Вот пример:
# make a shift/wrap function
shift <- function(df,offset){
df[((1:length(df))-1-offset)%%length(df)+1]
}
# make some data
data <- seq(1,4)
# make an empty vector to hold the data
difs = vector()
# loop through the data
for(i in 1:length(data)){
shifted <- shift(data,i)
result <- data - shifted
difs <- c(difs, result)
}
print(difs)
Как насчет использования outer? Он использует векторизованную функцию (здесь -) для всех комбинаций двух векторов и сохраняет результаты в матрице.
Например,
x <- runif(10605)
system.time(
differences <- outer(x, x, '-')
)
занимает одну секунду на моем компьютере.
