Используя ggplot, я создал точечный график с круглыми точками. Я использую ggsave для экспорта в формате .pdf, и он отлично открывается в Sumatra Reader, Foxit Reader и Chrome.
Однако, как только я открываю .pdf с помощью Adobe Illustrator для некоторых штрихов, все круглые точки превращаются в прямоугольные.
Если вы можете поделиться своим кодом, это может помочь. Однако у меня не возникло абсолютно никаких проблем при просмотре точечной диаграммы в Illustrator. Для создания точечной диаграммы использовалось следующее:
library(ggplot2)
ggplot(mtcars, aes(x = mpg)) + geom_dotplot()
В средстве просмотра графиков я сохранил его в формате pdf и открыл в Illustrator (CC 2015). 
